La Estancia se encuentra ubicada a 45 km de la ciudad de Córdoba, a 35 km del Aeropuerto Internacional Ingeniero Ambrosio Taravella (Pajas Blancas). Se llega por la autovía E 53, ingresando en la localidad de El Manzano y son 8 km de ripio consolidado. La cartelería indica el camino a recorrer. Cien metros antes de llegar a la capilla, a mano izquierda, se encuentra el estacionamiento.
Ubicada en la Comuna El Manzano, en el histórico paraje de la Estancia del Rosario de Santa Gertrudis, Estancia Candonga se encuentra en un lugar privilegiado donde la historia dejó sus huellas.